Za prvé, software není zboží, ale služba.
Tady máš vše podrobně popsáno: http://delfy.cz/ucetni-podpora/dph-u-sluzeb/nakup-sluzby-z-eu/

Česká firma, nepláte DPH, nakoupí službu ve výši 10.000,- Kč od firmy z USA.
Fakturu dostane bez DPH.
Místo plnění určí v tuzemsku.
Dnem přijetí služby se stává identifikovanou osobou a provede registraci na FÚ.

(takže v tomto příkladu nakupující neplátce odvede FÚ 2.100 Kč)

Prober to všechno se svým účetním. Kdybys to koupil jako občan, nemusel bys nic řešit.