pokud budu mít trojana v mobilu, tak to už ničemu dalšímu nepomůže

Trojan v mobilu má snazší přístup k SMS, kterou stačí někam přeposlat než ovlivnit ověřování pomocí bankovní aplikace, případně bankovního klíče. Musel by prolomit šifrovanou komunikaci s bankou a to bude složitější než přeposlat SMS.

Takže buď budeš přepisovat SMS a následně zadávat ePin nebo ti postačí ověření v aplikaci.
Další možností je přejít k bance, která využije dočasných výjimek a ePin zatím zavádět nebude.