Podle mne zaměstnavatel odečítá přestávku na oddech a jídlo,
která se podle zákoníku práce nezapočítává do pracovní doby.

Přestávka se v pracovní smlouvě nesjednává. Jde o povinnost, kterou
stanoví zákomík práce, podle něhož je zaměstnavatel povinen přestávku
poskytnout nejdéle po šesti hodinách nepřetržité práce.

Viz zákoník práce, § 88:
Přestávka na oddech a jídlo